Los libros de Actas del Claustro son documentos que contienen las actas de todas la reuniones que la Universidad ha hecho desde que se constituyó en 1532. Facilitan el registro de las decisiones que se han ido tomando a lo largo de su actividad. Debido a un incendio acontecido en el Archivo Universitario en 1886, este conjunto sufrió grandes pérdidas, entre las que destacan la desaparición de las encuadernaciones y las estructuras de cosido.