El club es la sección de fútbol sala del Real Betis Balompié, y oficialmente se fundó en 1987 como Club Fútbol Sala Nazareno en la localidad de Dos Hermanas (Sevilla). Desde el 10 de junio de 2013 y durante 3 temporadas, el Real Betis Balompié se estableció como patrocinador principal de los equipos seniors cediendoles el escudo y los colores. El 20 de junio de 2016 el club integró al club nazareno como parte de la estructura verdiblanca.

Los orígenes del fútbol sala en la ciudad de El Ejido se remontan al año 1987 cuando, gracias al patrocinio y dedicación de la Cooperativa Frusol, una empresa agrícola fundada el 19 de octubre de 1985, se constituye el C.D. Cooperativa Frusol, club que desarrollará su actividad en un almacén ubicado en el interior de sus instalaciones. Inscrito en la Federación Española de Fútbol Sala y siendo miembro de la Asociación de Fútbol Sala, el equipo del Poniente almeriense adquirirá un nivel notable que le lleva a disputar la Copa de España de la temporada 88/89, paso tras el cual adquiere cierto prestigio y, con la colaboración de más interesados, adquiere en agosto de 1989 el nombre de El Ejido Fútbol Sala.