El Museo fue fundado en 1860, y hoy tiene una colección internacionalmente importante de especímenes y archivos de historia natural. Desde su apertura, ha sido centro de investigación.
El Museo fue el lugar del ' Gran Debate ' de 1860 entre Samuel Wilberforce y Thomas Huxley, y también fue anfitrión del Nobel investigación galardonada sobre la estructura molecular de la insulina, la penicilina y la vitamina B12 por Dorothy Hodgkin.