El Museo de la Autonomía celebra de manera muy especial el Día de Andalucía. Cada año prepara un programa de actividades lúdico, cultural y educativo destinado a conmemorar la histórica fecha del Referéndum en el que los andaluces dijeron Sí al Estatuto.

Durante la semana previa al 28 de febrero se organizan visitas guiadas y talleres dedicados al conocimiento de Andalucía, su historia y sus símbolos concertados con centros escolares. Durante el fin de semana y la jornada festiva del Día de Andalucía se programan numerosas actividades de carácter lúdico y cultural que abarcan desde visitas teatralizadas a la Sala 28F, juegos y talleres infantiles en los jardines así como actuaciones musicales y espectáculos circenses y teatrales para todos los públicos.