La sección de arqueología del Museo de Huelva comprende piezas desde el paleolítico hasta el periodo islámico, destacando en la Prehistoria el periodo megalítico con amplia presencia de metales, el periodo orientalizante o tartésico, con colecciones tan relevantes como los ajuares de la necrópolis de La Joya, o el periodo romano, con piezas relacionadas con la minería únicas en el mundo, como la rueda hidráulica de Riotinto.