El origen de su colección se remonta a los fondos propios de la Comisión Provincial de Monumentos de Almería y, especialmente, a la importante donación efectuada por Luís Siret, principal progenitor de la institución que murió al año siguiente de verla nacer. Luís Siret, ingeniero de minas, nacido en Bélgica en 1860 fue una de las figuras más relevantes de la arqueología europea de finales del siglo XIX y principios del XX, siendo sin duda el padre de la arqueología científica en Andalucía y uno de los pioneros en la introducción del método arqueológico moderno en España. El Museo de Almería contiene importantes y variados fondos arqueológicos, en su mayor parte procedentes de diversos yacimientos de la provincia de Almería. Cronológicamente abarcan desde los primeros pobladores, (el yacimiento más antiguo de la provincia del que se conservan restos de ocupacion humana data del Paleolítico Medio, Cueva de Zájara), hasta la actualidad. El núcleo principal proviene de la antigua colección de D. Juan Cuadrado, adquirida por la Excma. Diputación Provincial, acrecentado por las diversas entregas, depósitos y donaciones de particulares, así como por las numerosas excavaciones arqueológicas que a lo largo de los años se han venido realizando. El Museo cuenta también con una amplia colección de etnografía: cerámica popular, trajes regionales, armas, elementos de esparto, etc. Sin embargo, en la nueva concepción expositiva, se ha optado por presentar en el área de exposición permanente, un discurso singular y especializado en dos momentos culturales que distinguen a nuestra provincia almeriense: las cuturas de Millares y El Argar.