El origen del actual Museo de Cádiz se inicia con la Desamortización de Mendizábal en 1835 y el depósito en la Academia de Bellas Artes de la ciudad de una serie de pinturas procedentes de diversos conventos exclaustrados. Entre estas obras se encontraba la serie de Zurbarán procedente de la Cartuja de Jerez de la Frontera. Mientras, en torno a la Academia de Bellas Artes, a lo largo del siglo XIX, se fue aglutinando un núcleo de obras de la floreciente escuela de pintura gaditana, con los ecos finales del neoclasicismo, el romanticismo, el costumbrismo y el cuadro de historia. El hallazgo casual en 1887 del sarcófago antropoide fenicio masculino en los terrenos de los Astilleros de Cádiz fue el punto de arranque de la colección arqueológica, lo que justificó la creación de un museo de esta naturaleza en la ciudad, que fue nutriéndose de los hallazgos de las propias excavaciones arqueológicas de aquellos momentos, donaciones de particulares y de los objetos que había reunido la Comisión Provincial de Monumentos Histórico Artísticos, creada a tal efecto por la legislación elaborada por los diferentes gobiernos liberales desde el reinado de Isabel II, tras la Revolución Gloriosa de 1868. El Museo ha conocido varias sedes a lo largo del tiempo, como el Callejón del Tinte o el Paseo de Canalejas, y se estableció definitivamente en el edificio de la Plaza de Mina en 1935, ocupando sólo la planta baja y compartiendo sede con la Academia de Bellas Artes. No obstante, el Arqueológico y el Bellas Artes se constituyen en museos separados, con directores y personal diferentes. No será hasta 1970 cuando se fusionen ambas instituciones en el actual Museo de Cádiz, incluyéndose también una Sección de Etnografía. A partir de 1980 se inicia una profunda reforma en el edificio a cargo del arquitecto Javier Feduchi. Se han realizado ya dos fases de este Plan Director estando pendiente una tercera.