En el MUPAM la muestra permanente  se nutre, fundamentalmente, de fondos de la colección del Ayuntamiento de Málaga. Asimismo se muestra también creaciones cedidas por particulares y por otras instituciones. Se ofrece en diferentes secciones: Sala Antigüedad y Edad Media: trata de sintetizar a través de una colección de piezas arqueológicas la evolución de Málaga desde su fundación, en el siglo VIII a. C., hasta la conquista castellana en 1487. Sala Edad Moderna: muestra el origen y la evolución de los símbolos de la ciudad, su escudo y su pendón con documentos, obras originales y reproducciones. En este espacio de puede contemplar la obra ‘Los Desposorios Místicos de Santa Margarita’ de Il Parmigianino. Sala Edad Contemporánea. Siglo XIX: ofrece una representación muy significativa de la pintura malagueña de esta centuria. Destacan las obras de Bernardo Ferrándiz, Denis Belgrano, Carlos de Haes, Horacio Lengo, Emilio Ocón, Verdugo Landi, Bracho Murillo y Denis Belgrano. Sala Edad Contemporánea Siglos XX y XXI: se dedica  a la renovación plástica malagueña  de los siglos XX y XXI, resaltando la incorporación de lo contemporáneo, la nueva figuración, la pintura social, el surrealismo en sus diversas variantes, el informalismo, la abstracción, la pintura cibernética, el expresionismo, lo onírico, el paisajismo naif y la abstracción geométrica.  En el campo de la escultura hay que destacar que las obras expuestas definen en algunos casos una relectura de la escultura clásica, mientras otras se inspiran en la exploración de las posibilidades discursivas de la masa y el volumen, en el surrealismo, en el primitivismo y en el cubismo. Audiovisuales: cada una de las plantas ofrece una serie de recursos digitales que muestran la historia malagueña expuesta en el museo y que permiten dar dinamismo a la visita. Entre estos recursos puede encontrar: una interfaz interactiva con un sistema de registro de movimiento, Kinect,  una proyección audiovisual y, por último, una maqueta y videomapping donde pueden visualizarse los cambios acontecidos en la ciudad desde sus orígenes.

Se realizan también otra serie de actividades como exposiciones temporales, en la sala habilitada para ello, jornadas sobre patrimonio, congresos o talleres didácticos que pretenden poner en valor el Patrimonio Municipal y actuar de plataforma de difusión del mismo.